При разработке флагмана линейки кроссовых мотоциклов Honda, модели CRF450R, японские инженеры сфокусировались на улучшении управляемости и стабильности аппарата. А потому основные изменения модели 2016 года – это доработка ходовой части.

При сохранении того же хода пневматической вилки KYB PSF2 в 310 мм сами перья стали на 5 мм длиннее. Настройки демпфирования гидравлики отбоя и сжатия стали жестче, а диапазон регулировок – шире. Все это было сделано для лучшего контроля за машиной в условиях экстремальных нагрузок – как, например, при торможении с высокой скорости по «битью».
Был перенастроен и моноамортизатор KYB, у которого изменилось демпфирование отбоя в среднем и верхнем отрезке хода амортизатора, плюс японские инженеры установили на CRF450R доработанную рычажную систему Pro-Link. Диапазон доступных райдеру регулировок также стал шире.
Немного изменилась и геометрия рулевого управления: угол наклона вилки стал 27°15' вместо прежних 27°07', а ее вылет стал больше на 1 мм. Снаряженная масса мотоцикла – 110,6 кг.

250-кубовый кроссовый снаряд Honda получил более существенное обновление, нежели флагманская модель CRF450R. Новинка 2016 модельного года оснащена головкой блока 1-цилиндрового двигателя гоночной спецификации HRC, а также новыми поршнем и шатуном. Были также изменены впускная и выпускная системы. В результате всех модификаций мотор стал мощнее (с 38 л.с. до 40 л.с.), его отдача на высоких оборотах – сочнее, а тяга на «низах» - лучше.
Японские инженеры перенастроили пневматическую вилку Showa SFF-TAC, а также удлинили на 5 мм перья – как и у старшей модели CRF450R. Конечно, не остался без изменений и моноамортизатор, чьи настройки были пересмотрены.
Снаряженная масса Honda CRF250R 2016 модельного года – 105,6 кг!